一般的に、複数回に分けて購入された株式の一部を申告分離課税でご売却した場合の取得単価は原則として「総平均法に準ずる方法」で計算します。
総平均法に準ずる方法の場合、その株式等を最初に取得した時（その後すでにその株式等の一部を譲渡している場合には、直前の譲渡の時）から譲渡の時までの期間を基準とし、「①最初に取得した時（または直前の譲渡の時）に保有していた株式の取得価額の総額」と「②その期間内に取得した株式の取得価額の総額」との合計額を、その株式等の総数で割って計算をする方法です。
最終的なご確認は、最寄の税務署へお問い合わせくださいますようお願いいたします。