NISA口座では、NISA口座全体で保有する商品の金額（以下、「非課税保有額」といいます。）に上限が設定されており、これを「非課税保有限度額」と呼んでいます。
非課税保有限度額は一人1,800万円（うち成長投資枠は1,200万円）です。ある年の非課税保有額は、その前年末時点において開設されているNISA口座で保有する上場株式や株式投資信託等の買付代金と、その年中に新たに投資する上場株式や投資信託等の買付代金の合計額をもとに算定します（手数料等は含みません）。
NISA口座では、年間投資枠の範囲内であっても、この非課税保有限度額を超えて投資することができません。例えば、非課税保有額が1,700万円（うち成長投資枠が1,200万円）に達しているNISA口座の場合、そのNISA口座ではつみたて投資枠で100万円分までしか投資することができません。 なお、非課税保有額は、NISA口座で保有する商品を売却することで減少します。減少した分は、翌年以降、年間投資枠の範囲内で新たな投資に利用することが可能です。